O cloro mata patógenos, como bactérias e vírus, quebrando as ligações químicas em suas moléculas.Os desinfetantes usados para esse fim consistem em compostos de cloro que podem trocar átomos com outros compostos, como enzimas em bactérias e outras células.

O desinfetante doméstico mais econômico é o hipoclorito de sódio (normalmente uma solução >10%, água sanitária), que é eficaz contra os patógenos mais comuns, incluindo organismos resistentes a desinfetantes, como tuberculose (Mycobacterium tuberculosis), hepatite B e C, fungos e cepas resistentes a antibióticos de estafilococos e enterococos.Tem ação desinfetante contra alguns organismos parasitas.

O álcool etanol tem muitos usos.É um poderoso germicida, o que significa que tem a capacidade de matar uma grande variedade de germes, incluindo bactérias, vírus e fungos.O álcool etílico é usado em ambientes de saúde para desinfetar mãos e superfícies, mas também pode ser usado como produto de limpeza doméstica.